La cantoria è raggiungibile da una scala chiusa posta a destra dell’ingresso. Presenta parapetto in muratura scandito da specchiature rettangolari nei colori rosa e bianco e fregi dorati. All’interno delle specchiature, cornicette in stucco a racchiudere fregi dorati ed elementi musicali. La cassa dell'organo di due tonalità di grigio azzurro, ha un'apertura ad arco tutto tondo, con finte lesene e capitelli ornati da semplice cornicetta. Altrettanto lisce le paraste e i capitelli posti ai lati, a sostenere il frontone con arco ribassato.
Nassimbeni/ Stella (2004, pp. 302-310) pubblicano un ricco apparato documenta,rio archivistico che permette di ricostruire la storia dell'organo commissionato a Girardi nel 1843 e poi in parte riformato da Valentino Zanin nel 1876.
Nassimbeni L./ Stella L., Catalogo degli organi, in L'Arcidiocesi di Gorizia, Udine 2004
Nossal F., Schede, in Organi restaurati del Friuli-Venezia Giulia. Interventi di restauro della Regione Friuli-Venezia Giulia dal 1976 al 1993., Udine 1994, 23
Caruana I., Schede, in L'arte degli organi nel Friuli-Venezia Giulia. L'arcidiocesi di Gorizia, Udine 1973