Il colle di Muggia Vecchia, a quota 172 metri sl.m., è costituito da un’ampia spianata delimitata da ripide scarpate su tre lati. Rappresenta un luogo di grande impatto strategico: il sito guarda da una parte al mare e dall'altra ai siti dell'entroterra come Elleri, Stramare e agli insediamenti della Val Rosandra. Gli scavi qui condotti dalla Soprintendenza hanno permesso di mettere in luce in diversi settori dell'altura sequenze stratigrafiche di volta in volta differenti e molto importanti per arrivare a un'interpretazione complessiva delle evidenze archeologiche, oggi in parte fruibili dal pubblico nei percorsi di visita del Parco Archeologico di Muggia Vecchia. Tuttavia le indagini si sono concentrate solo su determinate zone e offrono pertanto un quadro purtroppo ancora parziale delle modalità di occupazione antica del colle. Stando alle conoscenze attuali, le prime tracce di frequentazione risalgono all’età del ferro iniziale (IX secolo a.C.). La cima fu certamente abitata tra il VIII e il VI secolo a.C. (cfr. SI 1814) e poi probabilmente abbandonata, per essere nuovamente occupata nel periodo romano, quando la morfologia del pendio meridionale venne rimodellata mediante opere di terrazzamento (cfr. SI 1815). Probabilmente ancora vitale come sito fortificato d’altura nella tarda antichità, il luogo fu certamente oggetto di un’intensa attività edificatoria intorno all’VIII-IX secolo (cfr. SI 79): secondo un piano programmatico, in epoca altomedievale fu costruito sul pianoro sommitale un abitato formato da strutture abitative in arenaria e legno di piccole dimensioni. L’abitato fu circondato da una cinta di fortificazione, anch'essa realizzata con blocchi in arenaria, con tre porte sui lati est, sud ed ovest. Il villaggio continuò ad essere vitale anche nella piena epoca medievale, fino alla metà del XIV secolo, quando, dopo un incendio, fu definitivamente abbandonato. Successivamente, l'area corrispondente al sagrato della basilica di S. Maria Assunta fu trasformata in zona ad uso sepolcrale, con l'impianto di strutture tombali litiche contenenti deposizioni multiple (una trentina in tutto) che gli elementi di corredo riconducono al periodo compreso tra il XV e il XVI secolo.
Si tratta di un sito pluristratificato di grande importanza che sembra essere stato in collegamento con gli altri siti limitrofi nel corso di tutte le epoche in cui fu frequentato. Nel corso di un lungo arco cronologico il sito ha dimostrato più volte la sua importanza, come sede di abitato fortificato, prima come castelliere in età protostorica e in seguito come castrum/castellum in epoca medioevale. Per l'epoca romana non possediamo sufficienti dati strutturali per stabilire con sicurezza se il sito avesse solo carattere residenziale oppure, almeno in un certo periodo, anche funzione di difesa. Nell'alto Medioevo all'insediamento era connessa la vicina necropoli del Monte di San Michele (cfr. SI 1809 e SI 1812).
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