Dalla sommità del colle di Muggia Vecchia proviene una serie nutrita di reperti romani, emersi nel corso dello scorso secolo. Si tratta sempre di rinvenimenti privi di contesto, che documentano però come l’area fosse frequentata anche in quest’epoca. Parte dei resti romani furono inglobati nelle costruzioni successive, e specialmente nella Basilica di Santa Maria Assunta, come tessere musive bianche e nere, tegole, un capitello corinzio, datato al I-II secolo d.C., che è stato rinvenuto sotto l’altare maggiore, a lungo disperso e attualmente ritrovato. Una serie di anfore fu utilizzata per lo scarico della volta dell’abside; su una di queste, del tipo Dressel 6A si legge il bollo HER.PHAE, riferibile a M. Herennius Phaedimus (ultimi decenni del I sec. a.C.). L’altare del Santo Crocifisso, nella navata di sinistra, ha come basamento una lapide funeraria romana dedicata a C. Iulius Nicostratus (Inscr. It. X, 4, 354). Si ha notizia anche del ritrovamento, durante lo scavo di una tomba, di una moneta ene: si tratta di un asse battuto da Tiberio in onore di Augusto, dopo la divinizzazione avvenuta nel 15-16 d.C. La presenza di un'antica area funeraria nei pressi è indicata anche da altri reperti, come alcune urne cinerarie rinvenute nel 1962, di cui una è conservata all'interno della cappella cimiteriale, e il sarcofago rinvenuto nel 1937 presso Niccolini, l’attuale Belvedere. Il sarcofago è scavato in un unico blocco di calcare, attualmente alloggiato sul retro della chiesa e datato al I secolo d.C. La datazione è proposta in base all'assenza di decorazioni e iscrizioni, che richiama le prime forme di produzione seriale. L'esistenza di una necropoli romana nella zona, da collocare probabilmente sul vicino Monte San Michele (cfr. SI 1811), era suggerita già agli inizi del Novecento da Kandler, che descriveva delle fosse murate con coperture in tegole, di cui una riportava il bollo P.ITVRI SAB, forse identificabili con il tipo a celletta rivestita da laterizi (tipologia diffusa soprattutto nel I secolo d.C.). Altro materiale interessante fu rinvenuto nel 1923-1924, nelle vicinanze dell’attuale casa del parroco, sempre sul colle di Muggia Vecchia. Si tratta di un orologio solare ricavato da un blocco di arenaria locale, un tipo di manufatto che poteva essere utilizzato in un edificio sia pubblico che privato (un esemplare simile proviene villa con fullonica di San Sabba), ma poteva essere presente anche in contesti sepolcrali. L’esemplare in oggetto è stato attribuito al periodo tardoimperiale (Degrassi 1926). Anche durante gli scavi condotti sul colle dalla Soprintendenza tra il 1998 e il 2001 sono emersi materiali di epoca romana, rinvenuti in prevalenza in situazione di giacitura secondaria, entro gli strati di età medievale: un frammento di terra sigillata, una lucerna di tipo “Firmalampe” e una fibula in bronzo; quest’ultima è stata attrobuita al gruppo delle “Zwiebelknopffibeln”, diffuso in regione nel IV secolo: si tratta di un ornamento tipico dell’abbigliamento militare e dei funzionari dell’amministrazione statale. Durante la campagna di scavo effettuata nell'inverno 2001-02, nella parte alta del settore E (pendio meridionale), vicino alle strutture dell'età dl ferro (cfr. SI 1814) è stata individuata anche una struttura muraria di epoca romana, con paramento costruito con blocchetti irregolari di arenaria, legati tra loro con abbondante malta di calce bianca. I reperti associati riportano per lo più al I secolo d.C., ad eccezione di un frammento di anfora orientale databile al III-IV d.C.
Dall'insieme dei materiali rinvenuti si può supporre che la sommità del colle fosse occupata in epoca romana da un edificio abitativo di buon livello, impiantato forse verso la fine del I secolo a.C. - inizi I secolo d.C. a seguito di un impegnativo intervento di risistemazione e terrazzamento del pendio, che fu attuato con notevoli opere di riporto di terreno. Pur mancando elementi probanti per definire le caratteristiche dell'insediamento, gli elementi finora noti hanno fatto propendere F. Maselli Scotti per l'attribuzione dell'edificio a una villa. Le anfore rinvenute sembrano testimoniare una continuità di traffici commerciali per l’approvvigionamento di derrate fino al III/IV secolo d.C. Altri reperti, come le olle, rimandano invece a contesti domestici di utilizzo, compresi tra I e III secolo d.C. Le poche strutture messe in luce dagli scavi nella parte alta del settore E sono state così pesantemente intaccate da quelle successive da non fornire elementi sul piano dell’interpretazione funzionale; si può infatti solo supporre che questi muri non fossero pertinenti a un edificio di tipo abitativo, quanto costituissero piuttosto delle opere di contenimento, con scopo simile a quello delle strutture protostoriche (SI 1812). Il versante sud del colle, essendo quello con maggiori pendenze, deve aver richiesto nel corso di ogni epoca l’erezione di strutture contenitive, atte a bloccare il dilavamento naturale del pendio.
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