Il Museo Friulano di Storia Naturale è sorto nel 1866, l’anno di annessione del Friuli al neo-nato Stato Italiano, per iniziativa di Giulio Andrea Pirona (1822-1895), uno dei più importanti naturalisti friulani. Pirona infatti, pur avendo studiato medicina a Padova e Pavia, dedicò gran parte della sua attività alla botanica, alla paleontologia e alla geologia, pubblicando numerosi studi specializzati. Le ricche collezioni naturalistiche, costantemente incrementate grazie a donazioni, acquisizioni e campagne di ricerca, attualmente sfiorano il milione di reperti e sono suddivise nelle seguenti sezioni: Geo-paleontologia (circa 82.000 reperti), Mineralogia e Petrografia (circa 13.000 reperti), Paletnologia Paleontologia e Antropologia (circa 140.000 pezzi), Botanica (circa 165.000 campioni), Entomologia (circa 400.000 reperti) e Zoologia. Completano il Museo la biblioteca specializzata, composta da monografie, carte geografiche e la mediateca ricca di diapositive, stampe e materiale multimediale. Il Museo è attualmente chiuso al pubblico in attesa di essere trasferito in nuova sede, ma svolge comunque la sua funzione di istituto di ricerca e divulgazione di temi scientifici.
Nel 2010 il Centro regionale ha avviato una collaborazione con il Museo udinese per catalogare una parte della Sezione entomologica. Si tratta di una collezione di insetti raccolta tra gli anni Ottanta e Novanta del secolo scorso, per la realizzazione delle mappe di qualità biologica dei corsi d’acqua regionali, i cui risultati sono stati pubblicati negli atti del convegno tenutosi a Udine nel 2000, "I macroinvertebrati delle acque interne del Friuli Venezia Giulia". Il progetto ha consentito di inserire nella banca dati SIRPAC la prima collezione di questa particolare tipologia di patrimonio, sperimentando la scheda BNZ – Beni naturalistici zoologici, sviluppata dall’Istituto Centrale per il Catalogo e la Documentazione. Il progetto pilota si poneva come obiettivo la fruizione pubblica di queste enormi “banche dati storiche” della biodiversità, che hanno un peso sempre più importante per la conoscenza della nostra storia e dell’ambiente naturale. La scheda riporta le specifiche informazioni descrittive della specie, indicando il nome e l’anno dello studioso che l’ha rintracciata per la prima volta, spesso indispensabile per la sua identificazione, i dati del suo rinvenimento e le scelte sul tipo di conservazione.
Nel corso degli anni Ottanta-Novanta sono stati catalogati oltre 300 reperti archeologici preistorici e protostorici da varie località friulane, in particolare strumenti in selce e pietra riconducibili al neolitico e al mesolitico, oggetti in osso, ceramica e metallo dall'eneolitico (età del rame) all'età del ferro.