La presenza di una fase di occupazione protostorica per il sito di Muggia Vecchia era indicata già da A. Puschi agli inizi del Novecento, come riportato nella sua Carta Archeologica dell’Istria. Per tutto il resto del Novecento non si acquisì nessuna ulteriore informazione in merito, tanto che nel Catalogo del Museo di Muggia (Civico Museo 1997, p. 42) viene ricordato solo il rinvenimento di ceramica attribuita genericamente all'età del ferro, avvenuto nel 1986 durante i lavori di restauro delle mura medioevali nei pressi della porta ovest dell'abitato medievale, mentre si lamenta la mancanza di testimonianze relative all'eventuale presenza di strutture protostoriche. Una serie ben più nutrita di dati è emersa nelle campagne di scavo condotte dalla Soprintendenza in connessione con i lavori del Giubileo del 2000. Nella primavera del 2001 si è scavato lungo il settore meridionale (v. Planimetria delle aree scavate 1998-2002, settore D), nell'area dove è più evidente il salto di quota che durante l’età medioevale fu esaltato dall'erezione delle mura. In tale area è stata riconosciuta una struttura protostorica costituita dalla sovrapposizione di due - tre file di scaglie di arenaria che corre parallelamente all'andamento del declivio. Proprio questa posizione è una delle cause principali del processo di scivolamento verso valle che ha interessato la struttura. Lo stato di conservazione assai critico dei resti non ha spinto a proseguire ulteriormente lo scavo in questo punto. Ciò nonostante si è potuta osservare l’assenza di piani di frequentazione primaria, forse perché asportati in epoca medioevale, o forse proprio a causa del colluvio che ha interessato l’intero pendio dell’altura. All'interno della matrice antropizzata sono stati rinvenuti frustoli di carbone e frammenti di ceramica databile alla fase recente della prima età del ferro. Nei mesi invernali a cavallo tra 2001 e 2002 si è proseguito lo scavo: questa volta dal settore E sono emersi altre strutture e materiali dell’età del ferro. Durante questa fase di indagini sono venute alle luce tre strutture con funzione di contenimento del pendio. La prima ha andamento est-ovest e risulta caratterizzata da un doppio paramento di lastroni di arenaria giustapposti a secco. La fossa di fondazione della struttura incise profondamente una serie di riporti con materiale antropizzato, ricco di frammenti di ceramica collocabile tra il IX e il VI secolo a.C. Oltre alla ceramica sono stati rinvenuti frammenti di concotto lisciato sulla parte superiore, molto probabilmente riconducibili ad un piano pavimentale. Nello strato dei riporti si è notata un'alta percentuale di ceneri in giacitura secondaria, interpretabile come il risultato di una ridistribuzione degli scarichi di un abitato posto nelle immediate vicinanze, inquadrabile sempre tra IX-VI sec. a.C. (Muggia Vecchia 2001-2002, p.417). Scendendo le scalette che sono ora presenti nei pressi dell’antica Porta Santa Margherita (porta Sud dell'abitato medievale) si giunge all'area dove sono state scoperte altre due strutture, posizionate 4 metri più in basso rispetto a quella già descritta e realizzate contro terra, quindi con un'unica faccia a vista. Esse sono riutilizzate in epoca medioevale. I pochi frammenti ceramici emersi sono caratterizzati da una matrice argillosa ocra di derivazione locale e sono databili al VII-VI secolo a.C.
La struttura del settore D è stata interpretata come un impianto di terrazzamento o di contenimento, collassato prima degli interventi di sistemazione dell’area approntati in epoca medioevale (cfr. SI 79). Anche le strutture individuate nel settore E sono tutte riconducibili ad opere di terrazzamento/contenimento del pendio e documentano l'esigenza di procedere a continui rifacimenti e interventi di risistemazione, dovuti alla conformazione del declivio del colle a meridione, in questa parte particolarmente ripido. Pur mancando resti di strutture a destinazione abitativa, si può supporre che nel sito sorse un insediamento nella prima età del ferro (IX-VIII secolo a.C.), momento che segnò una fase di cambiamento tra i castellieri carsici: molto di questi furono abbandonati, altri furono fortificati ulteriormente, come Elleri e Slivia, e ancora ne sorsero di nuovi, come Cattinara e Duino. Considerando i materiali di Muggia Vecchia, si notano delle similitudini con quelli rinvenuti a Elleri e a Stramare, due siti attivi in questa stessa fase cronologica e legati molto probabilmente da una qualche sorta di dinamica interna. Delle analogie con i castellieri di Elleri e Cattinara si osservano anche nella tecnica di sistemazione del pendio - a terrazzi ristretti formati dagli scarichi dell'abitato e contenuti da strutture a secco -, che risulta diffusa nella prima età del ferro. Secondo i dati raccolti negli scavi, l'occupazione del colle non sembra continuare dopo il V/IV secolo a.C.; come altri castellieri carsici, anche quello di Muggia Vecchia in questo periodo venne molto probabilmente abbandonato per mutate esigenze locazionali.
Cuscito G., Il Parco Archeologico di Muggia Vecchia, Trieste 2016
Laudato M., Muggia Vecchia-Castrum Muglae: indagine di un sito d’altura tra alto e basso Medioevo, in I Borghi d’altura nel Caput Adriae. Il perdurare degli insediamenti dall’età del ferro al medioevo, Trieste 2004
Maselli Scotti F., Muggia Vecchia: le frequentazioni più antiche, in I borghi d'altura nel Caput Adriae: il perdurare degli insediamenti dall'età del ferro al Medioevo (Antichità Altoadriatiche LVI), Trieste 2004
Maselli Scotti F./ Borzacconi A./ Degrassi V./ Laudato M./ Pieri F., Muggia Vecchia: rapporto sulle indagini 2001-2002, in Atti e Memorie della Società Istriana di Archeologia e Storia Patria, 2002, CII (n. s. L)
Maselli Scotti F./ Pieri F./ Laudato M., Muggia Vecchia: rapporto preliminare indagini 1998-2001, in Atti e Memorie della Società Istriana di Archeologia e Storia Patria, 2001, nuova serie, n. 49
Civico Museo, Il Civico Museo Archeologico di Muggia, Trieste 1997