L'altare presenta mensa rialzata su una pedana a due gradini, provvista di paliotto ornato da specchiatura centrale lobata contenente il rilievo raffigurante Santa Margherita da Cortona, chiaramente riconoscibile grazie alla presenza del cane, accanto agli attributi del crocifisso e del teschio. La struttura retrostante, impostata su un alto basamento cui si addossa la mensa, è composta da quattro colonne lisce con capitello composito, le due interne in avancorpo, sorreggenti la trabeazione modanata. Il timpano triangolare soprastante il corpo centrale, affiancato da urne da cui fuoriesce una fiamma, è a sua volta sormontato da un fastigio concluso da un timpano arcuato, decorato da una conchiglia tra festoni di fiori.