Istituito nel 1817 per iniziativa del canonico ed erudito Michele della Torre Valsassina, a partire dal 1889 il Museo fu dapprima ospitato nelle sale di Palazzo de Nordis, quindi dal 1990 nel cinquecentesco Palazzo dei Provveditori Veneti, costruito su progetto iniziale di Andrea Palladio a chiusura del lato orientale della piazza del Duomo. Le collezioni archeologiche spaziano dal periodo protostorico a quello romanico. Particolarmente vasta è la sezione lapidaria che contiene, tra l’altro, sculture altomedievali di considerevole interesse storico e storico-artistico. Notevole anche la serie di bronzi che ornava il foro romano di Iulium Carnicum (Zuglio). Il nucleo principale del Museo consiste nella sezione longobarda. La grande quantità e varietà di reperti in esposizione consente di ripercorrere l’intero arco cronologico della presenza longobarda a Forum Iulii, dal periodo immediatamente successivo all'immigrazione – rappresentato dai corredi funerari delle necropoli di San Giovanni-Cella e di Santo Stefano in Pertica (fine VI - metà VII secolo) – fino alle ultime fasi del ducato friulano, alle quali vanno ricondotte elaborate espressioni di oreficeria sacra. Il Museo possiede anche un cospicuo numero di opere d'arte, oreficerie e codici miniati (tra i quali il celebre salterio di Egberto) di varie epoche.
L’attività di studio e catalogazione presso questo prestigioso Istituto è stata effettuata a più riprese dai primissimi anni di esercizio del Centro regionale nel 1973-1974 e proseguita poi nei decenni successivi, durante i quali furono aggiornati i dati già inseriti. Oggi nella banca dati SIRPAC sono consultabili schede OA – Opere d’arte, O – Oreficeria, NU – Numismatica e RA – Reperti archeologici. Tra i reperti lapidei più significativi si segnalano la cimasa del presbyter Ianuarius da Invillino e il pluteo con monogramma cristologico della chiesa di S. Maria Assunta. Tra le opere di oreficeria sacra del periodo del ducato friulano spiccano la pace del duca Orso e la croce astile da Invillino. Della sezione longobarda nel repertorio di armi, vasellame, oggetti di ornamento personale e di uso quotidiano, provenienti dalle numerose aree funerarie cividalesi, risaltano in particolar modo le crocette in lamina d’oro, che venivano applicate sul velo o sul sudario del defunto (famosa quella cosiddetta “di Gisulfo”), e le varie tipologie di fibule, lavorate a filigrana o impreziosite da pietre e smalti (schede RA). Nell’ambito della collezione numismatica va segnalata l’importante raccolta di 56 monete d’oro del regno longobardo di proprietà della Fondazione CRUP, per la quale nel 2008 è stato attuato un progetto specifico.
Piccinno V., Musei e Collezioni nella Provincia di Udine. Percorsi di Storia e Arte. Museums and Collections in the Udine Province. Itineraries of History and Art, Udine 2010
Vetri Antichi, Vetri Antichi del Museo Archeologico Nazionale di Aquileia. Ornamenti e oggettistica e vetro pre- e post-romano, Trieste 2008
Aurei Longobardi, Aurei longobardi. La collezione numismatica della Fondazione CRUP, Trieste 2007
Mandruzzato L./ Marcante A., Vetri Antichi del Museo Archeologico Nazionale di AQuileia. Balsamari, olle e pissidi., Trieste 2007
Mandruzzato L./ Marcante A., Vetri antichi del Museo Archeologico Nazionale di Aquileia. Il vasellame da mensa., Trieste 2005
Maselli Scotti F., La grande statuaria in bronzo nel Museo Archeologico Nazionale di Aquileia., in Antichità Alto Adriatiche, Trieste 2002, 51
Magrini C., Le fibule romane nel Museo Archeologico Nazionale di Cividale, in Forum Iulii, Cividale del Friuli (UD) 1997, 21
Mattaloni C., Cividale del Friuli. Guida storico artistica. Guida al Museo Archelologico Nazionale., Udine 1993