Le tre sale espositive del museo, due dedicate ai minerali e la terza alle rocce, sono dotate di vetrine a parete e di bacheche vetrinate per l'esposizione di un migliaio campioni. Nella sala centrale sono visibili svariati esempi di peculiarità mineralogiche - quali forme, colori, associazioni, geminati e le strutture reticolari dei silicati costituenti fondamentali delle rocce -, oltre a minerali tipici delle Tre Venezie e a varie forme, essenzialmente di calcite, presenti nelle grotte del Carso triestino. Nelle due sale laterali trovano posto, rispettivamente, la collezione sistematica dei minerali (silicati, carbonati, solfati, ossidi, solfuri ecc. ed elementi nativi) e la collezione sistematica di rocce (ignee, sedimentarie e metamorfiche).

La catalogazione della Collezione di mineralogia

Nel 2023, in vista delle celebrazioni del centenario della fondazione dell'Ateneo triestino, sono state riversate nel Catalogo regionale del patrimonio culturale del Friuli Venezia Giulia oltre 1000 schede relative a campioni appartenenti alla Collezione di mineralogia del Museo.